《条例》出台，依法严惩重罚，是有效打击违法排污行为的重要手段，是根据党中央、国务院关于用重典治理环境违法行为的部署，对违法者的相关法律责任作了非常严格的规定。主要体现在以下几个方面：
第一，加大对违法排污行为的处罚力度。条例虽然是个行政法规，但是在做好与水污染防治法、大气污染防治法等上位法衔接的前提下，对未取得排污许可证排放污染物、超标排放污染物等违法排污行为，都提高了罚款处罚的力度。
第二，规定了多种处罚措施。比如对情节严重的违法排污行为，规定了责令限制生产、停产整治、停业、关闭等处罚措施，对未建立环境管理台账记录制度、未按照规定提交排污许可证执行报告等违法行为，规定了按次处罚的措施，这是《条例》的一个亮点。另外，对复查发现排污企业继续实施违法行为或者拒绝、阻挠复查的违法行为，规定了按日连续处罚的措施。
第三，加强了与治安管理处罚和刑事处罚相关规定的衔接。与环境保护法规定的拘留处罚措施相衔接，规定了对通过逃避监管方式违法排污等行为，可以依法对其负责的主管人员和其他直接责任人员处以拘留，对违反本《条例》规定构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。这次《条例》通过这几个方面的规定，实际上进一步加大了违法成本，可以起到用重典治理违法排污行为的作用。
